서울대학교 대학원 음악과는 음악대학 학사과정에 개설된 전공의 심화 교육을 석사 및 박사과정으로 진행하고 있으며, 각 학과 모든 교수진이 교육에 참여하고 있다. 세부전공은 성악, 작곡·지휘, 이론·음악학, 피아노, 관현악, 국악기악·성악, 국악작곡·지휘·한국음악학으로 이루어져 있다.

각 전공은 전문 연주자 및 작곡가, 음악학자로서의 심층적인 교육을 위한 체계적이고 전문적인 커리큘럼으로 구성되어 있다. 연주 및 작곡, 학술적 연구 및 논문 작성 등 관련된 다양한 수업을 개설하여, 각 전공에 필요한 실제적인 역량을 쌓을 수 있도록 하고 있다. 연주 및 지휘 전공의 경우 졸업 연주를 비롯하여 다양한 연주 경험을 쌓을 수 있도록 하며, 작곡 전공은 작품 발표회를 통해 작곡가로서의 초석을 다질 수 있도록 한다.

음악학 전공은 전문적인 졸업논문을 작성하면서, 음악학자로서의 연구 능력을 함양할 수 있도록 한다. 국내 최고의 교수진이 지도하는 대학원 음악과는 국제적인 수준의 최고의 연주자·작곡가·지휘자·음악학자를 양성하는 것을 목표로 하고 있다.